Die aus der Systematik der Gebietsbezeichnung hervorgehende Gewässerkennzahl oder Gewässernummer bildet zusammen mit der Gewässerstationierung die Gewässerverschlüsselung, die eine Verknüpfung der Gewässerdaten mit Datenbanken und geographischen Informationssystemen gestattet.

Die Stationierung eines Gewässers erfolgt von der Mündung aus in 100-m-Schritten entgegen der Fließrichtung durchlaufend bis zur Quelle des Gewässers.

Die Bezeichnung des mit der WRRL eingeführten Wasserkörpers (water body) beginnt mit der Gewässernummer gefolgt von der untersten Station, an der Mündung also mit 0. Folgt nach oberhalb ein weiterer Wasserkörper wird dessen Beginn in m ab der Mündung angegeben.

Für die Bega mit der Gewässernr. 462 beispielsweise beginnt ein zweiter Wasserkörper an der Einmündung der Pasade nach 23700 m, also lautet die Wasserkörperbezeichnung 462_23700.

Der Wasserkörper ist ein Zentralbegriff der WRRL. Darunter wird ein einheitlicher und bedeutender Abschnitt eines Gewässers verstanden. Berücksichtigt werden alle Fließgewässer mit mehr als 10 km² Einzugsgebiet. Insbesondere soll sich ein Wechsel des Gewässertyps widerspiegeln, um dadurch eine zielgerichtete Bewirtschaftung des Wasserkörpers zu ermöglichen.