Die Ermittlung der diffusen Belastungen ist zwangsläufig in Verbindung mit der in der Wasserrahmenrichtlinie ebenfalls geforderten Einschätzung der Bodennutzungsstrukturen zu sehen. Die Richtlinie vollzieht damit den dringend erforderlichen Schritt von der bisher vorrangig verfolgten linienhaften Flußbewirtschaftung zur zukünftig zu betreibenden Flußgebietsbewirtschaftung.

Eine Bilanzierung der diffusen Belastungen fehlt bisher in den meisten Flußgebieten. Sie ist in den nächsten Jahren dringend nachzuholen, um die Belastungsquellen der noch verbliebenen stofflichen Gewässerbelastung, die sich zumeist in überhöhten Nährstoff-konzentrationen äußert, analysieren zu können. Allerdings spiegeln chemische Summenparameter, wie die Nährstoffe Nitrat und Phosphat nur eine Eigenschaft des Gewässers wieder. Die Beziehung der Gewässerorganismen zu ihren Umweltfaktoren ist vielschichtig und in hohem Maße von der morphologischen Beschaffenheit ihres Lebensraums abhängig.

Zunehmend erweist sich die Kolmatierung des Kieslückensystems der Gewässersohle als Problem. Eine veränderte Fließdynamik, Änderungen in der Landnutzung der Einzugsgebiete, fehlende oder zu schmale Uferrandstreifen, Regenüberläufe und andere Ursachen führen zur Verstopfung der Verbindung der fließenden Welle mit dem Grund unter der Gewässersohle. Die Sauerstoffversorung der dort lebenden Organismen verringert sich oder wird sogar unterbunden, so dass auch die kieslaichenden Fischarten keinen Reproduktionserfolg mehr haben.